مقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی

Authors

  • حافظیان, حسن
  • صاحب علم, حمید
  • فرهادی, ایوب
  • قلی زاده, محسن
Abstract:

The aim of this study was to compare different methods of Bayesian (parameteric) approaches for predicting genomic breeding values of traits with different genetic architecture in different distribution of gene effects, number of  quantitative traits loci, heritability and the number of reference population using simulated data. A genome contained 3 chromosomes, with the length of 100 cM and 1000 evenly spaced single nucleotide polymorphisms (SNP) on each chromosome was simulated. For hypotheses simulation attributes, different distribution of gene effects (uniform, normal and gamma), 3 levels of QTL (50, 200 and 400), 2 levels of heritability (0.16 and 0.5) and 2 levels of the reference population (1000 and 2000) was considered. In order to predict breeding values of individuals in the population of reference and verification, 5 Bayesian methods including Bayes Ridge regression (BRR), A, LASSO (L), Cπ and B were used. As the distance between reference population and selection candidates increased, due to disruption of linkage phase, the accuracy of genomic breeding values in all methods decreased. As heritability increased from 0.16 to 0.5, all methods showed an increase of about 0.2 in accuracy of genomic breeding values. When the number of reference population had increased from 1000 to 2000, all methods showed increased accuracy by nearly 0.18. When the distribution of gene effects was gamma, the Bayes A method showed a clear preference along with both levels of heritability compared with other methods. When the distribution of gene effects was uniform, all methods showed similar accuracy. For high heritability traits, the accuracy of prediction reduced as the number of QTL increased from 50 to 200. Conversly, in low heritability traits, there was no visible influence in accuracy of genomic breeding values.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روش‌های بیزی

The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total ...

full text

صحت روش‌های مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای با معماری ژنتیکی متفاوت

چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور هم‌زمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...

full text

مقایسه روش های آماری پارامتری و بازنمونه گیری در ارزیابی صفات کمّی با ساختار ژنتیکی متفاوت

هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونه­گیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزش­های اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیه­سازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرم...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

مقایسۀ روش‏های گوناگون ارزیابی ژنومیک در صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت

هدف از انجام تحقیق حاضر،مقایسۀ روش‏های گوناگون آماری در پیش‌بینی ارزش‏های اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت از‌نظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاه‏های صفت کمّی (QTLs) با‌استفاده از شبیه‏سازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تک‌نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیه‏سازی، و توزیع‏های متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 8  issue 18

pages  177- 186

publication date 2018-03

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023